On a parlé de PCR avec le professeur Greub du CHUV. Constat d’un nouveau biais statistique LHK

On a parlé de PCR avec le professeur Greub du CHUV. Constat d’un nouveau biais statistique LHK

Les statistiques sont des points de repère dans un monde de plus en plus complexe. Elles donnent à l’Etat démocratique moderne des éléments objectifs pour guider la politique. Elle permettent de ramener sur le terrain du réel des débats politiques souvent empreints d’émotions. L’opinion publique est traversée de perceptions collectives parfois biaisées ou influencées par des événements anecdotiques. Les informations produites par la statistique publique indépendante peuvent avoir un effet correcteur et ramener les choses à leur juste proportion. https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/ofs/statistique-publique.html

La question de la fiabilité de la Statistique publique est fondamentale dans le cadre de la gestion de n’importe quel projet public. Elle devient essentielle par temps de crise existentielle qui mène entre autres à la faillite de l’économie, à la destructuration de l’environnement des enfants, et qui introduit des nouveautés non désirées par la vaste majorité de la population.

Afin d’alimenter les statistiques publiques, il existe un tas de jalons le long des processus de prise en charge des personnes saines et infectées. Typiquement, le fait de décider d’introduire la PCR, de définir le seuil de ses cycles d’amplification, de comptabiliser un cas positif asymptomatique dans le cadre des hospitalisations Covid, etc. Cette série de décisions qui détermine ce que l’on prend en compte ou pas introduit des biais potentiels qui vont fausser l’état des lieux. Les décisions qui vont en découler seront obligatoirement biaisées elles aussi.

Alors que les rumeurs enflent au sujet d’un éventuel abandon par le CDC américain du diagnostic basé sur la PCR suite à leur annonce faite en juillet, je me suis adressée au CHUV de Lausanne pour avoir plus d’informations sur la méthode qu’ils utilisent pour diagnostiquer la covid-19.

Lab Alert: Changes to CDC RT-PCR for SARS-CoV-2 Testing https://www.cdc.gov/csels/dls/locs/2021/07-21-2021-lab-alert-Changes_CDC_RT-PCR_SARS-CoV-2_Testing_1.html

Il y a presque un an, j’avais interviewé le professeur Greub, Chef de Service et Directeur de l’Institut de Microbiologie du CHUV (Lausanne), Médecin chef des laboratoires de microbiologie diagnostique, Institut de microbiologie de l’Université de Lausanne Département des laboratoires, au sujet du test PCR dans le cadre de la détection du SARS CoV2.

https://lilianeheldkhawam.com/2020/10/04/rt-pcr-le-professeur-greub-du-chuv-de-lausanne-repond-a-nos-questions-interview/

Voici les questions posées au professeur qui accepte volontiers d’éclairer nos lanternes et que je remercie vivement de prendre le temps de répondre de manière très précise.

Interview du Professeur Gilbert Greub

LHK: Professeur Greub, vous m’aviez indiqué il y a quelques mois que le cycle d’amplifications du test PCR était de 45à 50 selon le produit. Pourriez-vous me confirmer que cette référence est toujours d’actualité au CHUV ?

GG: Oui, c’est toujours d’actualité, et ceci fait partie des bonnes pratiques, pour (i) s’assurer que la sonde fonctionne bien et ne fait pas de signal inapproprié, (i.e nous n’avons aucun positif entre 45 et 50 cycles, si un signal survient, c’est qu’on a un problème technique) et (ii) avoir une excellente sensibilité. La  sensibilité des tests est très importante puisque nous avons montré dans une analyse lors de la 1ere vague que les 3 premiers cas définissant un cluster avaient tous une charge virale faible parmi 20 clusters documentés dans le canton de Vaud entre le 1er mars et fin juin 2020 (Ladoy et al 2021, référence ci-dessous); ces 20 clusters avaient lors du tests des charges virales trop basses pour pouvoir être détectés par un tests antigène. Ainsi, si vous utilisez un test pas sensible, soit en faisant pas assez de cycles de PCR, soit en utilisant les test antigènes, vous ne détecterez le cluster que lorsqu’un des cas aura une forte charge virale, sera très contagieux, avec le risque de large clusters. Dans ce même travail nous avons démontré la relation entre charge virale élevée et taille des clusters ; certains clusters comportaient plus de 30 cas.

Le variant delta a aujourd’hui remplacé le variant alpha qui lui-même avait remplacé les variants initiaux et ce parce que le variant alpha était plus contagieux que les variants initiaux et que le variant delta est sans aucun doute encore plus contagieux. Avec un variant encore beaucoup plus contagieux comme le variant delta, il est indispensable d’utiliser des tests sensibles, pour détecter toute personne qui vient se faire tester en raison de symptômes ou parce qu’elle est « contact » d’une personne positive. Sinon, le risque est de faire faussement croire à cette personne qu’elle n’a pas le COVID et que son rhume ou ses symptômes quelles qu’ils soient sont dus à un autre virus.

Size and duration of COVID-19 clusters go along with a high SARS-CoV-2 viral load: A spatio-temporal investigation in Vaud state, Switzerland.

Ladoy A, Opota O, Carron PN, Guessous I, Vuilleumier S, Joost S, Greub G.

Sci Total Environ. 2021 Sep 15;787:147483.

Open access : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969721025547?via%3Dihub

LHK: Pourriez-vous m’indiquer le niveau du cycle Ct appliqué à une personne vaccinée ? Le CDC demandait à ses partenaires de ne soumettre  que des échantillons avec une valeur de Ct ≤ 28  au CDC pour séquençage. Est-ce aussi le cas au CHUV  ?

GG Techniquement, il est difficile de séquencer le génome du SARS-CoV-2 lorsque les valeurs de CT sont élevées, i.e lorsqu’il y a moins d’ARN viral dans l’échantillon. Nous avons d’ailleurs montré que la qualité des séquences est mauvaise en-dessous d’un certain seuil (Kubik et al 2020, Clinical Microbiology and Infection).  Séquencer que les cas avec un Ct <= 28 peut amener un biais, car vous n’aurez pas de séquences pour des cas avec < 100’000 copies.  A Lausanne, nous séquençons  tous les cas positifs avec plus de 10’000 copies soit un CT <= à 32 cycles. Et nous avons un succès avec le séquençage pour > 95% des séquences effectuées. Un contrôle qualité vérifie la qualité des séquences obtenues, cf notre article publié en juillet 2021  (Jacot et al 2021).

Recommendations for accurate genotyping of SARS-CoV-2 using amplicon-based sequencing of clinical samples.

Kubik S, Marques AC, Xing X, Silvery J, Bertelli C, De Maio F, Pournaras S, Burr T, Duffourd Y, Siemens H, Alloui C, Song L, Wenger Y, Saitta A, Macheret M, Smith EW, Menu P, Brayer M, Steinmetz LM, Si-Mohammed A, Chuisseu J, Stevens R, Constantoulakis P, Sali M, Greub G, Tiemann C, Pelechano V, Willig A, Xu Z.

Clin Microbiol Infect. 2021 Jul;27(7):1036.e1-1036.e8.

Jacot D, Pillonel T, Greub G, Bertelli C

Assessment of SARS-CoV-2 genome sequencing: quality criteria and low frequency variants.

J Clin Microbiol. 2021 Jul 28:JCM0094421.

LHK: Est-ce à dire que le Ct de la PCR d’un vacciné est inférieur ou égal à 32 à Lausanne?

GG: Non. Nous testons les échantillons des patients SANS savoir s’ils sont vaccinés ou non. Donc, TOUS (vaccinés et non-vaccinés) sont testés par PCR pour un total de 45 ou 50 cycles selon la technique utilisée. Tous les échantillons positifs (vaccinés et non-vaccinés) sont ensuite séquencés si le CT est < 32 (soit > 10’000 copies/ml).

Malheureusement, il y a encore certains centres de dépistage qui utilisent des tests antigènes, y compris pour des personnes symptomatiques vaccinées. Les tests antigènes étant très peu sensibles, on a le risque de manqué des cas qui auraient été détectés par RT-PCR. La sensibilité des tests de dépistage est très importante, et particulièrement avec les variants alpha, et surtout delta qui se caractérisent par une grande contagiosité (encore plus fort pour le delta).

Un résident suisse qui a reçu sa 2ème dose et qui développe plus de 14 jours plus tard des symptômes de rhume/grippe/ ou autre sera-t-il examiné en tant que porteur potentiel de Covid ?

Oui, bien sûr. En cas de symptômes, il faut se faire tester (qu’on soit vacciné ou non).

LHK: Quels sont les critères qui amènent un médecin soignant/établissement hospitalier à demander un PCR lorsqu’ils ont affaire à une personne vaccinée ?

GG: Les mêmes critères que pour une personne non vacciné, i.e des signes/symptômes compatibles avec une infection par le virus SARS-CoV-2.

Si, dans le cadre du tracking, une personne-contact est une personne vaccinée, devra-t-elle aller se faire dépister au même titre qu’un non-vacciné ?

Oui.

LHK: Mes interrogations faisaient suite à cet article d’un site US très connu. ICI Il y avait ce passage qui m’avait intriguée : « Lorsque le CDC dit aux autorités sanitaires de l’État qu’il « aimerait caractériser les lignées SARS-CoV-2 responsables d’infections de percée », et avertit à son tour que « seuls les spécimens avec une valeur Ct 28 au CDC conviennent au séquençage », ils ne sont pas littéralement en train de leur ordonner d’effectuer le tests à moins de 28 cycles, mais ils laissent certainement comprendre qu’ils devraient le faire et garantissent que certains le feront. Cela aura alors pour effet d’enregistrer moins d’ »infections de percées » (chez les vaccinés) seront officiellement enregistrées. »

De son côté, le CDC écrit ceci: « Depuis le 1er mai 2021, les CDC passent de la surveillance de tous les cas signalés de percée vaccinale pour se concentrer sur l’identification et l’enquête uniquement sur des cas hospitalisés ou mortels, quelle qu’en soit la cause. Ce changement contribuera à maximiser la qualité des données recueillies sur les cas les plus importants sur le plan clinique et de santé publique. » (Source ICI)

Que pensez-vous de ces 2 infos ?

GG: Pour avoir des séquences de qualité, il faut avoir suffisamment de virus au niveau de l’échantillon.  Un seuil de 32 (10’000 copies/ml) convient à notre laboratoire en terme qualité et ceci est aussi le cas pour les autres laboratoires de Suisse. Il est possible que selon l’approche utilisée, il faille un peu plus de virus (< 28 cycles) par échantillon pour obtenir une bonne qualité de séquence. De choisir un seuil légèrement différent, i.e. 28 cycles est peut-être une manière de sélectionner de manière « uniforme » les cas à séquencer. Cependant, ceci ne veut pas dire que les cas d’infection survenant chez des vaccinés ne puissent être recensés : On peut très bien documenter l’infection par RT-PCR sans effectuer la séquence du virus. Le but du séquençage n’est pas de fournir des statistiques globales, mais plutôt d’identifier d’éventuels variants qui échapperaient au vaccin.

Il me semble adéquat de s’intéresser en priorité aux personnes hospitalisées, car (i) ce sont elles qui souffrent le plus et (ii) ce sont elles qui lors de vague épidémique surchargent le système de santé et c’est cette surcharge qui a entrainé les mesures drastiques prises dans les divers pays. C’est un message rassurant et encourageant que le vaccin protège non seulement contre l’infection, mais aussi contre des formes sévères.

LHK: Pratiquez-vous des tests collectifs qui seraient en vigueur aux Etats-Unis ? Si oui, pourriez-vous m’expliquer en quoi cela consiste au juste ?

GG: Le « pooling » des échantillons est une approche qui n’a comme seul but d’économiser des reactifs de PCR. Il est possible de le faire lorsque la probabilité pré-test est basse de < 1%, car alors si vous poolez 10 échantillons, et que le résultat est négatif, vous pouvez rassurer les 10 personnes à l’aide d’une seule PCR. Le résultat est alors rendu par SMS si négatif, d’emblée. En cas de positif, il faut alors tester individuellement les 10 échantillons pour identifier le ou les positifs dans le lot. Cette approche a deux inconvénients :

  • Un risque de contamination lors du pooling, car ça génère une manipulation de plus
  • Un risque d’erreur, d’inversion d’échantillon

Ainsi, le pooling ne doit être effectué que par des laboratoires très habitués à la PCR et qui ont mis en place des pratiques permettant de mitiger ces risques. L’automatisation du processus de pooling peut réduire ces risques, si le robot ne génère pas d’aérosols. L’autre problème du pooling est une perte de sensibilité par dilution (10x si pool de 10). Mais ceci n’est pas un problème car la PCR est très sensible. Nous avons considéré le pooling uniquement pour la surveillance des personnes asymptomatiques et ce par des PCRs effectuant sur frottis de bouche (PCR sur la salive).

LHK: Est-ce que les vaccinés admis au CHUV subissent un test PCR systématiquement à leur arrivée au même titre que les non-vaccinés?

GG: Non, il n’y a pas de dépistage de routine, chez des personnes sans symptômes COVID.

Commentaire LHK

Les hospitalisés vaccinés positif au Covid mais asymptomatiques ne sont ni détectés, ni comptabilisés. Contrairement aux non-vaccinés.

Il y a quelques mois j’avais posé la question au CHUV au sujet du dépistage systématique de patients admis à l’hôpital (fin de vie/accidents graves/infarctus massif/etc.). Il s’était avéré que le test positif de patients qui vont probablement décéder d’autre chose était comptabilisé en tant que patients Covid.

En termes purement statistiques, les données sont faussées à cause de la comptabilisation de ces décès en lien et non à cause du Covid. L’information arrive au public en laissant sous-entendre que les patients Covid+ sont hospitalisés à cause du virus. Ca participe à accroître l’ambiance anxiogène.

Depuis cet échange avec le CHUV, la variable « patient vacciné/non-vacciné » admis à l’hôpital est venue se rajouter.

Ce qui est valable au CHUV, l’est ailleurs. Or, il s’avère que les vaccinés ne sont pas testés au Covid lors de leur admission à l’hôpital, contrairement aux non-vaccinés qui le sont systématiquement.

Cela signifie en clair qu’il existe dans la Statistique publique qui compare le taux d’hospitalisation par catégorie vacciné ou pas comporte un biais si important que cette comparaison enfreint très certainement la Charte de Statistique publique dont les pays européens sont signataireshttps://lilianeheldkhawam.com/2021/01/25/la-charte-de-la-statistique-publique-bafouee/

https://www.ouest-france.fr/bretagne/covid-19-en-bretagne-les-non-vaccines-representent-75-des-nouvelles-entrees-a-l-hopital-c4ff9c7e-035c-11ec-8926-48613f7d5af4

Le taux des hospitalisés non-vaccinés intègrent l’effectif inconnu de « cas » asymptomatiques, alors que les vaccinés sont exclusivement constitués de la catégorie extrême de personnes symptomatiques nécessitant une hospitalisation. Souvenez-vous de ce que nous avons écrit plus haut au sujet du CDC qui dit clairement avoir décidé qu’à partir du 1er mai 2021, les CDC vont passer de la surveillance de tous les cas signalés de percée vaccinale pour se concentrer et enquêter uniquement sur des cas hospitalisés ou mortels, quelle qu’en soit la cause.

Le protocole qui s’applique aux vaccinés n’est pas le même que celui dédié aux non-vaccinés. Cela fausse les statistiques publiques, mais améliore la « performance » des vaccins.

Or, l’information que nous découvrons qui consiste à épargner les vaccinés du dépistage de routine lors des admissions implique qu’il existe 2 protocoles clairement différenciés. Le référentiel d’admission n’étant pas le même, on ne peut comparer les populations, vaccinées et non-vaccinées, hospitalisées. Du coup, les 2 populations ne peuvent être comparées car ne sont pas mesurées de manière équivalente. Or, quand on dit qu’il y a x % des vaccinés hospitalisés et y% de non-vaccinés comme le font les médias officiels, on compare des patates et des bananes. Dans le cas des vaccinés (X), nous avons exclusivement des personnes positives avec des symptômes lourds, alors que dans l’autre (y) nous avons tous les asymptomatiques hospitalisés pour tout autre chose que le Covid.

La décision de ne pas dépister systématiquement les admis vaccinés, crée des biais qui viennent se rajouter à ceux que nous avions déjà relevés durant cette crise Covid en matière de Statistique publique. Utiliser 2 procédures au niveau de 2 populations distinctes, puis franchir le pas de les comparer est dommageable en matière de fiabilité statistique. Et donc de l’information.

Je rappelle que les autorités sanitaires ne nous donnent pas la ventilation des résultats des positifs par rapport au seuil de cycles d’amplification. Les statistiques traitent de manière équivalente l’individu positif pour un cycle de 40 et celui qui a l’est avec un cycle de 20!

Il est donc faux d’écrire une phrase du genre « A population égale, le nombre d’hospitalisations liées au Covid-19 de personnes entièrement vaccinées en Suisse s’avère environ 12 fois inférieur à celui des non-vaccinés, d’après une analyse de la RTS basée sur la période allant du 1er juillet au 15 août. » https://www.rts.ch/info/suisse/12426042-douze-fois-moins-dhospitalisations-dues-au-covid-chez-les-vaccines-en-suisse.html.

https://www.ouest-france.fr/bretagne/covid-19-en-bretagne-les-non-vaccines-representent-75-des-nouvelles-entrees-a-l-hopital-c4ff9c7e-035c-11ec-8926-48613f7d5af4

Plus important, ces chiffres peuvent être le résultat d’un cas pratique où dans un hôpital A nous avons 6 vaccinés qui développent un Covid sévère avec un Ct de 20, et 60 non-vaccinés qui se trouvent en orthopédie avec un Ct de 40. Le média va dire que le nombre des hospitalisés non-vaccinés de l’hôpital A est 10 fois inférieur. Par conséquent, le vaccin est efficace. Tout le monde comprendra que dans ce cas, caricaturé à l’extrême, nous serions face à une imposture qui relève plus du marketing pro-vaccinale que de la science médicale. Voilà pourquoi, soit les protocoles doivent être rigoureusement identiques, soit on s’interdit de comparer les patates et les bananes.

Le Pass sanitaire participe à l’amplification des biais.

En introduisant le Pass, les vaccinés peuvent circuler librement sans devoir présenter un résultat de test, mais on force les réfractaires au vaccin à aller se faire dépister. On amplifie donc le nombre de tests de manière artificielle, et avec lui le nombre de non-vaccinés positifs mais non contagieux.

Pendant ce temps, les vaccinés contaminés et contaminants vont pouvoir circuler en toute liberté et contaminer vaccinés et non-vaccinés (y compris au sein de l’hôpital!) aussi longtemps qu’ils n’ont pas décidé de se rendre d’eux-mêmes à l’hôpital pour causes de symptômes graves, voire mortels.

Les vaccinés asymptomatiques , mais aussi symptomatiques non médicalisés, vont régulièrement passer entre les mailles du filet. Cela aura pour conséquence de voir des gouvernants vanter les mérites des vaccins, et mettre la pression sociale et la responsabilité de la contamination sur les épaules des non-vaccinés.

Source : https://lilianeheldkhawam.com/2021/08/24/on-a-parle-de-pcr-avec-le-professeur-greub-du-chuv-constat-dun-nouveau-biais-statistique-lhk/

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